离子化方法选择：根据样品性质确定离子化方式 适合ESI(IS)的样品类型：
– 高极性化合物、蛋白质、肽类、低聚核苷酸等生物分子； – 胺类、季铵盐等；
– 含杂原子化合物如氨基甲酸酯等 适合APCI的样品类型：
– 弱极性/中等极性的小分子，如脂肪酸，邻苯二甲酸等 – 含杂原子化合物如氨基甲酸酯、脲等 ESI不适合的化合物：极端非极性化合物如苯等； APCI不适合的化合物：非挥发性样品；热稳定性差的样品
离子化方法选择
● 碱性化合物宜用正离子方式 ● 酸性化合物宜用负离子方式 ● 如未知,可能正负都要做
● 有些化合物正、负模式都出峰，选择灵敏度高的方式，不明确的 优先试用正离子方式
根据化合物类型选择流动相组成，甲醇-水，乙腈-水或甲醇-乙腈-水 一般正离子方式用甲醇，负离子方式用乙腈好些
● 流动相中加入甲酸、乙酸铵等可提高正离子化效率
● 是否加酸不是绝对的，具体应根据LC的分离情况、样品在酸性条件下的稳定性等决定
当本底增大，LC压力增高，应更换水相。
溶解样品的溶剂：用流动相或甲醇、乙腈溶比用含水多的溶剂LC峰系形好。如果常用的流动相不能很好溶解样品，可用少量特殊溶剂先将样品溶解后再用流动相稀释。
APPI，适合非极性化合物，同GC/MS有重复，但一般小型台式GC/MS，分子量范围小，APPI比GC/MS可测更高的分子量。
特征离子的质量色谱在复杂混合物分析及痕量分析时是LC／MS测定中最有用的谱图，当样品浓度很低时LCMS的TIC上往往看不到峰，此时，根据上一步得到的
分子量信息，输入M+1或M+23等数值,观察提取离子的质量色谱图，检验直接进样得到的信息是否在LC-MS上都能反映出来，确定LC条件是否合适，以后进行MRM等其他扫描方式的测定时参考。
质谱分离过程：进样，离子化， 离子分离， 离子检测， 质谱图
高效液相色谱(HPLC)是分离化合物范围最广，准确度高，对化合物破坏性小的快速分离方法，特别适用于有机生物分子的分离。
?质谱仪(MS)是灵敏度很高，对未知化合物的结构分析定性准确，对被测定化合物和相应标准样品的了解要求较低的定性手段。 ??
??挥发和/或热不稳定被分析物的离子化； 应用软电离技术
??速不兼容：LC的传统柱流速1ml/min.或更高，而MS需在高真空条件下工作；
质谱仪离子源配置足够大抽气量的真空泵； 在进入质谱仪高真空区之前除去大量溶剂； 采用适当的分流装置；
使用小内径的LC柱—降低流速
流动相不兼容：LC分离时经常加不挥发性的缓冲液、添加剂等。
