财政部门按照其最大发电（售电）能力核定自发自用电量和销售电量，并确定重大水利基金征收数额。
第十二条 重大水利基金收入列政府收支分类科目第103类01款58项“国家重大水利工程建设基金收入”。其中：专员办对14个省份征收的重大水利基金分别计入“国家重大水利工程建设基金收入”项下01目“南水北调工程建设资金”和 02目“三峡工程后续工作资金”；16个省份省级财政部门征收的重大水利基金计入“国家重大水利工程建设基金收入”项下03目“省级重大水利工程建设资金”。
第十三条 14个省份省级电网企业代征重大水利基金，由中央财政按代征额的2‰付给代征手续费，代征手续费从重大水利基金支出预算中安排，分别支付给国家电网公司和中国南方电网有限责任公司，具体支付方式按照财政部有关规定执行。代征电网企业不得从代征收入中直接提留代征手续费。
16个省份省级电网企业代征重大水利基金，由省级财政从本级重大水利基金支出预算中付给代征手续费，具体办法由省级财政部门规定。
第十四条 省级电网企业应将代征的重大水利基金与其正常业务收入分账核算。省级电网企业、拥有自备电厂企业和地方独立电网企业应及时足额上缴重大水利基金，不得拖延缴纳，如逾期不缴纳的，专员办和省级财政部门应责令其限期缴纳，并从滞纳之日起按日加收滞纳部分2‰的滞纳金。滞纳金纳入本金一并核算。
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第十五条 未经国务院批准，任何地方、部门和单位均不得擅自减免重大水利基金，不得调整基金征收范围和征收标准。
第十六条 对重大水利基金征收增值税而减少的收入，由财政预算安排相应资金予以弥补，并计入“国家重大水利工程建设基金收入”科目核算。
第十七条 重大水利基金按下列规定进行分配和使用。 （一）14个省份缴入中央国库的重大水利基金，纳入中央财政预算管理，由中央财政安排用于南水北调工程建设、三峡工程后续工作和支付三峡工程公益性资产运行维护费用、支付重大水利基金代征手续费。其中：南水北调工程建设与三峡工程后续工作之间的分配比例另行规定。
（二）16个省份缴入省级国库的重大水利基金，纳入省级财政预算管理，专项用于本地重大水利工程建设。
第十八条 用于南水北调工程建设的重大水利基金，由南水北调工程项目法人根据工程建设进度提出年度投资建议，报国务院南水北调办审查，并由国务院南水北调办报国家发展改革委审核后，纳入国家固定资产投资计划。同时，国务院南水北调办要编制重大水利基金年度支出预算，报财政部审核。财政部根据批准的年度投资计划、基金收支预算和基金实际征收入库情况安排资金。
重大水利基金用于南水北调工程建设，暂作为中央资本金管理。
第十九条 用于三峡工程后续工作的重大水利基金，按照经
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国务院批准的《三峡工程后续工作规划》要求安排使用，具体使用管理办法另行制定。
第二十条 缴入中央国库的重大水利基金在满足南水北调工程建设和三峡工程后续工作需要后的结余资金，由财政部会同国家发展改革委、水利部提出分配和使用意见，报国务院确定。
第二十一条 缴入省级国库的重大水利基金，由省级发展改革部门纳入固定资产投资计划统筹安排，并由省级财政部门编制年度基金收支预算。省级财政部门根据批准的年度投资计划、基金收支预算和基金实际征收入库情况安排资金。
16个省份要将重大水利基金年度收支情况报财政部、国家发展改革委、水利部备案。
第二十二条 重大水利基金应严格按规定安排使用，实行专款专用，年终结余结转下年度继续使用。
重大水利基金的资金支付按照财政国库管理制度有关规定执行。
第二十三条 重大水利基金支出在政府收支分类科目中列第213类04款70项“国家重大水利工程建设基金支出（南水北调工程建设）”、71项“国家重大水利工程建设基金支出（三峡工程后续工作）”、72项“国家重大水利工程建设基金支出（地方重大水利工程建设）”。
第二十四条 各级财政、发展改革、水利、审计、监察部门应按照职责分工，加强对重大水利基金征收、拨付、使用和管理情况的监督检查，确保基金按规定征缴和使用。
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第二十五条 对违反本规定，多征、减征、缓征、停征，或者侵占、截留、挪用重大水利基金的单位及责任人，依照《财政违法行为处罚处分条例》（国务院令第427号）和《违反行政事业性收费和罚没收入收支两条线管理规定行政处分暂行规定》（国务院令第281号）进行处罚或行政处分，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第二十六条 16个省份可根据本办法制定本地区重大水利基金具体实施办法，并报财政部、国家发展改革委、水利部备案。
第二十七条 本办法由财政部商有关部门负责解释。 第二十八条 本办法自2010年1月1日起执行，三峡工程建设基金同时停止征收，原涉及三峡工程建设基金征收使用管理的文件一律废止。
附：国家重大水利工程建设基金征收标准
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