用BLAST生物信息数据库搜索功能进行在线相似性搜索，选择几个已知分类地位的相似序列。
（2）多重序列比对分析
用Clust X软件对多个相似序列进行多重序列比对分析。 （3）构建系统发育树
利用Mega 4软件构建系统发育树。 （4）系统发育关系分析 【实验结果与分析】
1．将PCR扩增的凝胶电泳结果扫描图打印出来，并对结果加以分析说明。 2．对重组子筛选平板上的菌落特征进行描述和分析。 3．对PCR产物进行测序所得的序列进行序列特征分析。
4．对基于16S rRNA基因的序列构建的系统发育树进行系统发育关系分析。 【思考题】
1．16S rRNA基因的序列有什么特征？
2．利用16S rRNA基因序列分析方法获得的鉴定结果与菌株已知的分类结果是否一致？若不一致，如何确定其准确的分类地位？
附录：用Mega 4构建系统发育树的过程
1. 利用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)数据库搜索程序获得16S rRNA相似序列
登录到有BLAST服务的网站，如美国国立生物技术信息中心NCBI（http://blast.ncbi.nlm. nih.gov/Blast.cgi）。进入BLAST主页界面，选择nucleotide blast（blastn），把要搜索的DNA序列以FASTA格式粘贴到Search栏，Database选项选择Others，点击BLAST，得到result of Blast，选项中序列以FASTA格式保存。
>错误！未找到引用源。gb|HQ185400.1| Stenotrophomonas maltophilia strain 5633 16S ribosomal RNA gene, partial sequence Length=1540
Score = 2663 bits (1442), Expect = 0.0
Identities = 1457/1464 (99%), Gaps = 1/1464 (0%) Strand=Plus/Plus
Blastn结果中参数含义：Score是指提交的序列和搜索出的序列之间的分值，越高说明越相似；Expect（E值）是指比对的期望值，比对越好E值越小，一般在核酸的比对，E值小于1e-10，比对就算是很好，多数情况下为0；Identities是指提交的序列和参比序列的相似性，如上所指序列为1464核苷酸中二者有1457个相同；Gaps指的是对不上的碱基数目；Strand为链的方向，Plus/Minus指的是提交的序列与参比序列是反向互补的，如果是Plus/Plus则二者皆为正向。
2. 利用Clustal X进行相似序列的多重比对
将检测序列和搜索保存的同源序列以FASTA格式编辑成为一个文本文件，导入Clustal X程序进行多重比对，在Alignment菜单中点击Do Complete Alignment，保存自动生成的*.aln和*.dnd文档。
