GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件
FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件
RevComp：序列格式转换软件
8.引物分析
primer Premier 5.0：引物设计工具
Oligo：引物分析著名软件
Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件
Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件
NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序
9.序列综合分析
pcgene：分子生物应用软件
MACAW：多序列构建与分析软件
Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件
Clustal X：ClustalWWindows界面程序
FASTA：数据库中查找同源序列软件
GeneDoc：对序列进行相关分析等操作
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件
SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数
BioEdit：序列编辑器与分析工具软件
DAMBE：综合性序列工具软件
LaserGene：综合性序列工具软件
SeaView：图形化多序列队列编辑器
Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器
DNASIS：序列综合分析工具
Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具
Vector NTIViewer：载体查看软件
Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台
DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
