基因鱼品系；阐明鱼类个体大小调控基因的系统发育和进化规律；开拓生长基因调控网络和分子标记尤其是主控基因用于鱼类分子设计育种的可行性途径。
主要研究内容：
鱼类下丘脑/垂体的功能基因组以及鱼类生长的基因调控网络研究； 鱼类性成熟和生长的相互协调及其调控机理研究；
脑肠肽/生长激素/类胰岛素生长因子信号通路和对鱼类生长调控机制研究； 抑肌素信号调控在鱼类肌肉细胞增殖和蛋白/脂肪平衡中作用机理研究； 可控不育性转卵泡抑素等基因的转基因鱼品系研制及其生理学功能分析； 鱼类个体大小调控基因的系统发育和进化规律研究；
生长调控基因和分子标记用于鱼类分子设计育种的可行性途径研究。
承担单位：中国科学院水生生物研究所、中山大学 课题负责人： 殷战
主要学术骨干：林浩然、李文笙、黄安林、贺江燕、王绪祯、陈尚萍 经费比例： 16%
课题3 鱼类抗病基因调控网络和分子设计育种的基础研究 主要研究目标：
阐明鱼类干扰素系统和抗菌肽基因的调控网络和抗病作用机理；揭示在鱼类抗病免疫反应中主效基因的表达调控机制；阐明重要鱼类病原与宿主免疫系统的相互作用及其作用机制；研制具有抗病性状的雌核发育系和近交家系；鉴别出与鱼类抗病性状密切相关的分子标记和等位基因及其抗病QTL定位；建立鱼类抗病分子设计育种的理论和技术方法，开拓其可行性途径；
主要研究内容：
鱼类干扰素系统基因的功能解析、调控网络和作用机理研究； 重要鱼类病原与宿主免疫系统的相互作用及其作用机制研究； 鱼类抗细菌免疫基因的信号调控网络、功能分析和抗病机理研究； 具有抗病性状的雌核发育系和近交家系的创制和筛选；
与抗病性状相关的分子标记和等位基因的鉴定及其抗病QTL定位研究；
鱼类抗病分子设计育种的理论和技术方法的建立及其可行性途径研究。
承担单位：中国水产科学研究院黄海水产研究所、中国科学院水生生物研究所
课题负责人：廖小林
主要学术骨干：陈松林 张义兵、朱蓉、袁秀平、沙珍霞、田永胜、王娜、 经费比例： 16%
课题4 鱼类抗寒基因调控网络和分子设计育种的基础研究 主要研究目标：
阐明鱼类抗寒基因调控网络及其作用机理；揭示低温胁迫下不耐寒鱼类基因表达谱与耐寒鱼类基因表达谱的差异及其关键基因的功能；阐明鱼类耐寒基因调控网络及其作用机理；创制鱼类抗寒机理研究模型，开拓鱼类抗寒基因用于分子设计育种的可行性途径。
主要研究内容：
鱼类耐寒基因调控网络、功能分析和作用机理研究；
不耐寒鱼类低温胁迫下基因表达谱与耐寒鱼类基因表达谱的差异比较及其关键基因的鉴定和功能研究；
耐寒与不耐寒鱼类温度适应调控机制的差异的解析； 鱼类抗寒机理研究模型的研制；
鱼类抗寒基因和分子标记用于鱼类分子设计育种的可行性途径研究。
承担单位：中国科学院遗传与发育研究所、中国科学院海洋研究所 课题负责人：陈良标
主要学术骨干：沈玉、曹立雪、谭训刚、尤锋 经费比例： 10%
课题5 鱼类数量性状多基因聚合育种技术研究 主要研究目标：
建立鱼类数量性状基因调控网络信息整合技术；揭示鱼类经济性状主效基
因的图谱定位、同线性和性状关联性关系；阐明鱼类经济性状主效基因转录组以及在群体和家系中的功能；确定鱼类经济性状主效基因标记及基因不同组合的遗传效应，评估其育种效率；创建可用于鱼类分子设计育种的多基因聚合育种的技术路线。
主要研究内容：
鱼类数量性状基因调控网络信息整合技术研究；
鱼类经济性状主效基因的图谱定位、同线性和性状关联性研究； 鱼类经济性状主效基因转录组分析以及在群体和家系中的功能研究； 鱼类主效基因标记及基因不同组合的遗传效应与育种效率评估研究； 可用于鱼类分子设计育种的多基因聚合技术研究。
承担单位：中国科学院水生生物研究所、中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 课题负责人： 童金苟
主要学术骨干：孙效文、王忠卫、俞小牧、张骁锋、耿波、贾智英、梁利群 经费比例：16%
课题6 基于鱼类分子设计育种的基因操作技术研究 主要研究目标：
创制基于蛋白分子设计、BAC克隆、转座子系统、Cre/lox基因靶位操作的稳定、高效的鱼类转基因技术；优化和完善基于蛋白质锌指结构的鱼类基因快速敲除系统；揭示性腺特异小RNA在基因表达调控中的新途径，阐明piRNA与互作蛋白及其调控途径；创建基于破坏原生殖细胞发生或维持的具有遗传安全的鱼类转基因技术体系；研制出持续激活的生长激素受体基因的转基因鱼；揭示持续转激活生长激素受体基因与转生长激素基因的转基因鱼的效应及其信号通路的调控差异。
主要研究内容：
基于BAC克隆、转座子系统、Cre/lox基因靶位操作的稳定、高效的鱼类转基因技术研究；
基于蛋白质锌指结构鱼类基因快速敲除系统的优化和完善； 持续激活的生长激素受体的分子设计及其转基因鱼的研制；
转持续激活生长激素受体基因鱼与转生长激素基因鱼的效应及生长激素信
号通路上下游关键因子的比较研究；
性腺特异的小分子RNA在性别分化中的动态特性及其作用机理研究； 基于破坏生殖细胞发生或维持的具有遗传安全的鱼类转基因技术体系研究。
承担单位：中国科学院水生生物研究所、武汉大学 课题负责人： 孙永华
主要学术骨干：肖武汉、刘静霞、程汉华、王燕舞、罗大极、刘江东、曹宏 经费比例： 17%
