“当事人合意”使得法院的司法行为取得不违反正式制度的外观，正式制度也因此得到当事人的容忍而获得(至少暂时获得)合法性。
功能分析更有意义的是发现研究对象的潜功能，指出它不为行动者预期的，甚至不为实施者发觉的，但事实上已产生的意料之外的效果。协调的潜功能主要有：
(一)司法卷入公共政策制定
表面上看，在行政诉讼中的协调是法院放弃了按照法定程序评判行政机关的行为与责任，但这种放弃却使法院拥有了另一种权力和资源：基于互惠或者交换，法院获得了建议权，即从司法外的途径，通过对行政机关或其他相关部门提出改进工作方式、完善规章制度、增减有关规定等方式，悄然影响着公共政策和部门规章制定过程。且看几则报道：
结合审判，针对行政机关执法中存在的问题发出司法建议，是南京法院预防“官民”纠纷的其中一项措施。去年，该市两级法院共发出司法建议近30条，较好地规范了行政执法行为。去年11月，玄武法院在审理冯某诉南京市工商行政管理局玄武分局不履行职责一案中，发现工商玄武分局与南京市玄武区卫生局在对冯某申诉的食品中添加药品的事项，都认为没有调查处理的职能。玄武法院认为，食品管理事关重大，不应当在政府的管理过程中出现真空地带，故向南京市食品药品监督管理局发出司法建议，建议加强工作协调，理清类似问题的监督职责。南京市食品药品监督管理局高度重视，很快召开相关部门的协调会，使该类问题得到解决。
另一则：
在审查非诉执行案件过程中，旬阳市法院主动与行政机关沟通协调，对裁定不准执行的案件，指出被诉具体行政行为的违法性，并提出司法建议，促使其改变被诉具体行政行为，落实整改措施。在审查申请强制执行征收社会抚养费的大量案件中发现征收社会抚养费工作存在几个方面的问题和不足：一是征收社会抚养费的主体存在问题。征收社会抚养费的行政行为都是以乡镇政府的名义作出的，其行为没有法律法
规依据。二是申请强制执行征收社会抚养费案件的主体存在问题。大多数案件都是以乡镇人民政府的名义向法院申请的，其行政诉讼主体没有法律法规依据。三是征收抚养费的标准存在问题。各乡镇人民政府的征收标准很不一致，有的以自己上报的统计基数为准，有的是以县级统计数据为准。四是具体实施行政行为的过程中有违反程序法和实体法的问题存在。出现只有一名工作人员进行调查处理的现象;送达文书不规范，有邮寄、代收的现象;制作的征收社会抚养费决定书中没有引用法律法规具体条文。五是部分乡镇政府没有按规定期限向人民法院申请强制执行。为促进行政机关依法行政，规范社会抚养费征收工作，旬阳法院在进行专题研究后，针对征收社会抚养费工作中存在的上述几类问题向计生局提出司法建议，并决定对申请强制执行征收社会抚养费的案件逐步实行听证制度。该建议引起了该县政府的高度重视，在认真研究的基础上采纳了全部建议，迅速出台了《关于进一步规范计划生育社会抚养费征收工作的通知》，并对法院支持行政机关依法行政表示感谢。
(二)制度创新
在社会控制机制逐渐转向法律和司法控制的过渡时期，由于作为控制手段的法律和司法程序并非原生于社会机体自身，全新的社会控制机制面临大量的制度创造问题。与完全摧毁旧体制创建新体制的激烈式社会革命不同，渐进式的社会变革的制度创造的路径是多元的：既有从旧体制蜕变来的，也有从其他社会移植而来的，还有从全新的体制中自创生的。各种背景的新制度均有各自的价值，相互之间也难免存在冲突与排斥。移植来的制度需要在社会结构转型过程中解决排异反应，与社会相融合;新的制度需要通过点滴积累，逐步成熟。以规避法律为目的的非制度化行为往往是刺激制度创新的催化剂，它使得制度的制定者不得不重新审视现有制度的问题，进而调整修改制度，弥补制度漏洞，使制度更具有操作性。苏力曾经阐述过法律规避与制度创新的关系，他认为法律规避的行为是国家制定法与民间法之间沟通、理解，在此基础上相互妥协、合作的过程，并指出，这种合作与妥协将是解决国家法与民间法之间博弈关系的“囚徒困境”和制度创新的一个重要途径。
另一方面，非制度化行为的实践本身也可能促成新规则的形成，逐渐取代旧规则，或者填补规则空白。非制度化行为在应对具体问题上所表现出来的高效率、低成本、适应性等优势，也会产生制度经济学上的“适应性效率规则”作用，激发着实践者敢于“冒险”、不断尝试新做法的信心。前面的实证资料表明，司法过程中的协调在促进立法者和政府各部门反思和完善法律与政策方面的确发挥了重要作用。此外，协调随机应变的灵活性，使得法律和司法以柔软的面孔适应着社会的需要，在局部获得社会的认同与支持的效果十分明显，加上由此带来的效率等实惠刺激着行动者进一步扩大协调的适用范围，创造适用协调的条件，在协调中建立新的行为规则，无意中推动了原生性法律和司法制度的创生。
(三)公权力的可协商、可交易性
协调的实质是行政机关变通行使其行政权。公权力的不可协商性和不可交易性的原则建立在公共利益的原理上。比如行政管理事务多涉及公共政策，事关不特定多数人的共同利益，故法律禁止行政机关任意处分或与个别的行政相对人协商处分其行政权。行政自由裁量权与民事处分权有很大差异。法律对于民事主体的处分权基本不作限制，而对行政机关的自由裁量权则严格加以制约。行政法上有关行政机关自由裁量权的规定是关于裁量权的幅度与范围的限定，即便是行政合同等基于管理双方合意而发生的行政关系，行政机关的裁量权中也没有多少“自由”的含义，更多强调的是与其职权相应的责任。协调却使得行政机关脱离法律的限制“处分”了行政权力，而且相对人得以借法官之口与行政机关讨价还价，形成公权力与私权利事实上的交易关系。
(四)司法与行政的界限模糊化
一方面，由于党政领导参与一些案件的协调，不仅使诉讼程序变成一个集合党政和社会各方面力量共同解决纠纷的过程，而且增加了行政介入司法的新路径。另一方面，在某些领域因为需要协调的问题反复出现，使得有关政府部门和法院均认为有必要在宏观层面进行整体的沟通与合作，共同讨论处理办法，达成一些共识。比如劳动争议案件，因为事先要经过劳动局仲裁，涉及工伤赔偿的，还有工伤认定等鉴定环节，因此法院在审理劳动争议案件方面必然经常与劳动局打交道。而劳动局毕竟是政府职能部门，处理劳
动争议时不可避免更多地要考虑劳动管理政策，更多考虑社会稳定等治理要求，因此在受理、裁决案件时的思路与方式与法院常存在差异。而当事人向法院起诉后，这种差异往往成为当事人不服判决的重要因素。近年来大量因企业改制引发的劳资争议，多以集体争议的形式出现，劳动局为了维护稳定，一般采取斡旋、调解的方式处理，原则上不受理仲裁申请，结果被当事人以行政不作为推上被告席。为解决这些问题，法院经常与劳动局进行协调。为一揽子解决一些共性的问题，也为了减少同类案件处理上法院与劳动局做法不同而产生的矛盾，法院会不定期地与劳动局召开专门问题协调会。类似的还有，法院就涉及金融机构的案件专门召开由工商、金融管理机构参加的协调会等。借助这些沟通与合作机制，司法与行政在某种意义上结成共同体。在纠纷解决与行政管理两个方面，司法与行政的界限均趋于模糊化。
(五)非正式制度进入司法过程
协调的结果，使得意识形态、民间规范等非正式制度进入司法过程。
1.意识形态的影响
意识形态“是一整套逻辑上相联系的价值观和信念，它提供了一幅简单化的关于世界的图景并起到指导人们行动的作用”。作为文化现象，意识形态从根本上说是受制于一定的生产力发展水平和经济社会关系，但它一经产生即具有相对的独立性，影响和制约着制度变迁的方向和性质，尤其是对于以制度改良为目的的自上而下的变革来说，意识形态的指导功能起着决定性的作用。中国社会转型时期社会矛盾的多发与特殊性，给社会整合带来新的课题。随着市场经济的发育，政治意识形态在社会政治和日常生活中的直接控制力大为减弱，意识形态多元化的趋势成为不可逆转的发展方向，对社会整合起作用的因素越来越趋向于各种文化所共有的一些价值成分，如自由、公正、人权等。但从另一个角度看，主流政治意识形态因为融合了其他思想体系的文明价值不断得到充实和发展，在当前的社会整合结构中仍然发挥着不可忽略的作用。特别是最近一段时期，面对社会矛盾和纠纷的压力，为了遏制两极分化可能带来的社会不稳定，中央提出“和谐社会”价值观来指导和促进社会发展，确保社会变革沿着既定目标有序推进。意识形态对司法的影响，一方面体现在“和谐社会”的价值观成为指导法院工作的基调，而避免当事人矛盾激化、预防
