echo \ echo \ echo \ echo \
sed '1,5d' ${i} >> ${dir}/${i} echo \ done
此脚本可以批量修改gjf 的开头，输出文件在一个新的文件夹中，文件名不变。 解析 dir=ckout mkdir ${dir}
创建一个叫ckout 的目录，用于存放新生成的文件。
echo \ echo \ echo \ echo \ echo \
新gjf 文件的开头部分，可以根据需要修改。 echo\：写入一个空行
sed '1,5d' ${i} >> ${dir}/${i} 把旧的gjf 文件的坐标部分写入新文件,
'1,5d' 删除(d) 文件的1-5行，5 可以根据需要修改。
echo \ 在文件末尾写入新的空行
get_energy.sh #!/bin/bash dir=get_energy
mkdir ${dir}
for i in *.out do
en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20` cp -- ${i} ${dir}/${en}_${i} echo \ done
此脚本可以把out文件的能量提取出来,存储到get_energy.log 中，同时生成以能量值为文件名的out文件，便于排序筛选。 解析
en=`more ${i} | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20` 获取能量值。
grep'Energy': 对不同的文件，能量的表达不同，am1用”Energy”,hf 用E(RHF),可以根据实际选择。 Tail –n 1: 对于opt 任务，此处可以选择最后一个能量值
cut -c 13-20:截取能量值，13-20个字符，未必就是这么多，可以通过试用得到。注意前面不要有空格和减号。
cp ${i} ${dir}/${en}_${i} 复制文件到新的目录，并命名为 能量_原文件名
echo \ 统计能量到新的文件。
out2gjf.sh
#!/bin/bash dir=out2gjf mkdir ${dir}
for i in *.out do
fil=`echo ${i}|tr \
n=`more ${i}|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8` ((n=n+2))
echo \ echo \ echo ${i} >> ${dir}/${fil}
echo \ echo \ ido=0
while((${ido} < 30)) do
((m=n+ido))
more -- ${i} |head -n${m}|tail -n 1|cut -c 14-99 >> ${dir}/${fil}
((ido=ido+1)) done
echo \ done
此脚本可以把out文件的最后一个坐标做成gjf 文件，并赋予新的关键词。 解析
fil=`echo ${i}|tr \
给变量fil 赋值，输入文件的后缀名改变为gjf n=`more ${i}|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8` 寻找最后一个坐标所在的位置，n为行号。 ido=0
while((${ido} < 30)) do
((m=n+ido))
more -- ${i} |head-n ${m}|tail -n 1|cut -c 14-99 >> ${dir}/${fil}
((ido=ido+1)) done
把分子坐标写入新的gjf 文件
这里30 为分子的原子数，使用时根据体系原子数修改
说一说这些脚本的使用方法。
以第一个为例
首先给那个all_g03 加上可执行权限 chmod u+x all_g03.sh
然后把它放到一个PATH 包含的路径下面，进入存放gjf 的目录，输入all_g03.sh &，
或是把它放到那些gjf 里面，输入./all_g03.sh，这时那个脚本会依次计算这个目录下的所有gjf 文件。后面加& 实在后台执行，这时
可以输入exit，关闭终端，回去睡觉好了
。
这些脚本都很简单，可以根据自己的实际情况修改或扩展。比如输入文件后缀为com，程序为g98 等，都可以修改。还可以加一句，在计算结束之后关机。
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.11062683D+02 分子轨道的系数超过了100
Gradient too large for Newton-Raphson use scaled descent instead 是用了最速下降法取代了牛顿法进行局部优化 沙漠之鹰
局部优化的方法通常有爬坡法、最速下降法和牛顿法，其中爬坡法适用于任何情况，最速下降法要求势能面的一阶导数不变号，牛顿法则要求二阶导数也不变号，在后面的帖子中会陆续介绍。收敛速度最快的算法适应的条件最苛刻。在guassian中采用一种称为Berny搜索的算法，实际上是对这三种算法的综合运用
NBO
1.NBO(Natural Bond Orbital)，自然键轨道分析程序，在量化软件Jaguar，Q-Chem，PQS，NWChem，GAMESS-US（含PC GAMESS）和Gaussian中都包含了此程序或接口。目前是5.0版。
2.Gaussian-03 users should therefore include IOp(5/48=10000)
3.#p B3LYP/Gen pseudo=read Pop=NBORead pop=reg ......... ......... C O H 0 6-31G(d) **** Zn 0 LANL2DZ **** Zn 0 LANL2DZ
$nbo bndidx $end
4. NPA相对于传统的Mulliken集居数分析，具有更高的数值稳定性，能更好地描述有较高离子特征化合物的电子分布，克服了Mulliken集居数分析方法的弱点：会产生没有物理意义的负集居数值；Mulliken 集居数随所选基组不同差异很大，尤其是当基组扩大到更高精度时会失去意义；对于具有明显离子特征的化合物而言，Mulliken集居往往给出不合理的电荷分布图。而且自然集居数分析基于正交归一化基组横跨整个轨道空间，本质上是波函数，而不是筛选的特殊轨道基，因而不论基组怎
