运营处设有：车务管理部、策划发展部、运营工程部、质量安全部、城际客货运事务管理部和指挥调度中心等。
车务管理部设有：站务管理部、车站设备维修部。负责列车服务、车站运作以及车站设备维修；
运营工程部下设有：运营车辆维修部、运营基建维修部、运营技术支援部。车辆维修部负责列车维修；基建维修部负责铁路沿线结构、路轨及其它固定装臵的维修保养。
（三）北京地铁
2003 年起北京市轨道交通形成投资、建设、运营三分开的管理体制：1、北京市基础设施投资有限公司（下称：京投公司）作为业主行使线路项目投融资、资产管理等功能；2、北京市轨道交通建设管理有限公司接受京投公司委托，行使项目建设管理功能，建成后的线路交给京投公司；3、北京市地铁运营有限公司接受京投公司委托负责1号线、2号线、5号线、13号线、八通线等8条线路的运营管理。（与香港合资的北京京港地铁有限公司单独负责4号线的运营管理）
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同时，北京市成立北京市轨道交通指挥中心（与北京市轨道交通路网管理有限公司 “一套班子，两块牌子”，分别由北京市交委和京投公司任命），设臵全网集中调度中心和清分中心，行使政府对全线网运营管理职能。
目前，北京市地铁运营有限公司经营的线路包括1号线、2号线、5号线、10号线一期、13号线、八通线、奥运支线和机场线，运营线路总里程200公里，共有123座运营车站，在职员工约16000人，平均每公里约80人。公司运营业务涉及专业有车辆运输、客运组织、行车电力调度、供电、通信信号、机电和线路等。另外，公司还经营以地铁相关资源开发为主的多元化业务，主要包括经济技术贸易、广告、地下通信、房地产开发、商贸、旅游度假、教育培训、建筑安装、车辆制造、工程监理、出租汽车、设计研究咨询及文化产业等。
公司机关设有24个职能部室（办公室和党群工作部为多个部室合署办公），下设4个运营分公司和五个设备维修公司和一个车辆制造厂。
其中主要部门：
车辆部和设备部负责协调设备设施的运作和维修工作。 客运营销部负责运输计划的编制、票务清分清算、营销管理和监督、指导运营公司的客运服务工作。
总调度室负责维修施工计划编制、运输工作的组织和调度管理。 4家运营分公司，负责所管辖线路和车站的运营安全、窗口服务和现场应急处臵以及车辆日常维修维护和运用，没有调度指挥功能。
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五家设备维修公司按专业设臵，分别负责线网线路、机电、通号（含AFC）、供电、房建设备设施的维修保养工作。五个设备维修公司与四个运营分公司签订合同，实行内部业务契约化。
一个车辆制造厂负责车辆架修及以上维修和车辆的制造工作 2009年4月，北京地铁运营有限公司完成组织架构调整，其组织架构图如下所示
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北京市地铁运营有限公司企业法规部保卫部企业发展部新线配合办公室新线运筹办公室消隐改造办公室后勤部房地产管理部办公室物资部财务部人力资源部车辆部设备部客运营销部安全监管部总调度室技术部监察部党群工作部文化产业事业部饭店旅游事业部通信事业部商贸事业部广告事业部车辆制造厂线路公司机电公司通号公司供电公司运营一分公司运营二分公司运营三分公司运营四分公司 10
