? 实验前带上口罩和新手套,并用70%酒精将实验台擦拭一遍。 ? 移液要准确,振荡要充分,振荡前需检查管盖是否盖严。 ? 使用超纯水稀释标准品。
3.3 稀释样品
1)如果待测文库是需要混合的Index文库,则先按照《Q-PCR pooling规则》混合好,贴好标签等待检测。
2)取和待测样品数量相同的0.6 ml PCR 离心管,分别标记为待测样品名称或者是样品管盖上的记号。
3)如果待测样品体积小于15ul(如表达谱、Small RNA组的样品),则分别吸取99 μl超纯水至每个离心管中;如果待测样品体积大于15ul,则分别吸取198 μl超纯水至每个离心管中。
4)将待测文库的样品原管充分振荡,短暂离心后,按照Q-PCR实验登记表上的顺序排好,然后分别移取样品溶液至相对应的装有超纯水的离心管中,如果样品体积小于15ul的,则吸取1ul的样品到装有99ul超纯水的离心管中;如果样品体积大于15ul,则吸取2ul样品到装有198ul超纯水的离心管中。振荡10至15秒,短暂离心。
5)将已稀释的样品置于4 ℃或冰上;将样品原管放回-20 ℃冰柜中的编号盒存放,将样品放到编号盒中腾空的位置,并将样品的文库号用扫描枪录入“文库核对&存放位置”文件夹中的《上机文库存放位置表》Excel表中的对应位置存档。
【注意】
? 移液要准确,振荡要充分,振荡前需检查管盖是否盖严,吸取样品后确
保管盖盖严。
? 使用的超纯水稀释样品。 3.4 配制反应预混液
1)到隔壁实验室的“Mix配制区”配制反应预混液。取1.5 ml或2 ml离心管,在管盖上标记上Mix,套上锡箔纸。
2)按以下反应体系准备反应预混液(以8个PE样品、1条标准曲线和10个SE样品、2条标准曲线为例):
表3-4-1 PE Mix的配置
组分 1次反应所需用量(μl) 37次反应所需用量(μl) PE Mix dNTP(2.5mM) Probe ROX PE PCR Primer1.1 Index PCR Primer RR EX Taq HS Template Total 7.05 0.8 0.25 0.2 0.3 0.3 0.1 —— 9 260.85 29.6 9.25 7.4 11.1 11.1 3.7 —— 333 *标准品5个浓度各2个反应孔,NTC(无模板对照)1个反应孔,每个样品3个反应孔,2
孔用于移液损失,共37孔。
表3-4-2 SE Mix的配置
组分 SE Mix dNTP(2.5mM) Eva Green ROX SE PCR Primer1.1 SE PCR Primer2.1 EX Taq HS Template Total 1次反应所需用量(μl) 53次反应所需用量(μl) 7 0.8 0.5 0.2 0.2 0.2 0.1 —— 9 371 42.4 26.5 10.6 10.6 10.6 5.3 —— 477 *2条标准曲线,标准品5个浓度各2个反应孔,NTC(无模板对照)1个反应孔,每个样
品3个反应孔,2孔用于移液损失,共53孔。
其中,PE Mix和SE Mix的组分和每孔反应所需的用量如下表: 表3-4-3 PE Mix 表3-4-4 SE Mix
组分 所需用量(μl) 1 0.1 0.1 0.5 3.35 2 组分 所需用量(μl) 1 0.1 0.1 0.5 3.3 2 7 10× Buffer MgSO4 Tween 20 100× DMSO H2O Betaine Total
10× Buffer MgSO4 Tween 20 100× DMSO H2O Betaine Total 7.05 3)上下颠倒离心管混匀或振荡10至15秒,短暂离心。 4)将反应预混液置于4 ℃或冰上。 【注意】
? 配制反应预混液必须到“Mix配制区”进行,避免扩增子污染。 ? 移取PE Mix或 SE Mix前,摇晃离心管以彻底混匀。 ? 使用超纯水配制反应预混液。
? Mix配制区的所有物料,仪器,工具都严禁带到其他区域。
3.5 加样
1)Mix配制好之后,将Mix放在传递窗中,回到稀释样品的实验室,将Mix从传递窗中取出,并在“点样区”进行加样。
2) 取出96孔国产光学反应板置于基座上。
3) 将预先配好地反应预混液加到各反应管孔中,每孔加入9μl 反应预混液。然后按照由A到H、由1到12的顺序向反应孔中加入1 μl 已稀释的标准品、样品和阴性对照,向标准品反应孔中加入1 μl 梯度稀释的标准品,每个梯度重复两次;向样品反应孔中加入1 μl 已稀释的样品,每个样品重复三次;向无模板对照(NTC)反应孔中加入1 μl 已灭菌超纯水。
4)使用ABI公司配备的封膜工具和光学封口膜(泛特津)封闭反应板。 5)封好膜之后,到荧光定量PCR仪放置的实验室,使用Labnet 的MPS-1000微孔板离心机离心反应板,离心时间为4min。离心前注意配平。板子放置时,底部朝外。
6)将反应板装载到StepOnePlus扩增仪以准备运行。
3.6设置反应程序 3.6.1 双击
3.6.2 如果有设置好的程序模板,则点击菜单栏的“Open”在“桌面/Q-PCR Results/Q-PCR Templates”里找到和《Q-PCR实验登记表》上名字相同的程序模板,在Experiment Name栏中用“检测人姓名拼音+检测日期+程序名称”命名,然后根据标准品和点样的顺序设置好板位,输入标准品名称和样品名称,并将设置好的程序保存在“桌面/Q-PCR Results/Q-PCR Results”中以检测日期命名的文件夹中。
3.6.3如果没有程序模板的,则在 Set Up 列中,单击 Advanced Setup ,如图3-1。
桌面 StepOne software v2.0 软件快捷键。
图3-1
3.6.3.1 在左侧导航窗格中,单击 Experiment Properties :
1) 单击 Experiment Name ,然后输入实验名称,如图3-2所示。 2) 单击 StepOnePlusTM Instrument(96 well)。

