Lammps手册
第一章：引言
1.1 什么是lammps
Lammps是一个经典分子动力学代码能够模拟三种状态中的全部颗粒，通过使用各种力场和边界条件也能模拟原子的、聚合的、生物的、金属的、颗粒的和粗精度系统。
Lammps模拟的例子看the publication page 。能模拟颗粒达到百万十亿的原子系统，看section perf 和benchmarks section。它是开放性资源，这意味着我们能够使用而且可以修改我们想要的代码，下面有简短的论述。它能够被修改和阔存内存，如新的力场、原子种类、边界条件等，更详细的看section modify 。
在大多数普遍情况下LAMMPS是集成牛顿运动方程为原子，分子，或宏观颗粒经由短程或长程力相互作用与各种初始和/或边界条件的集合。为了效率的计算LAMMPS使用近邻列表来跟踪附近的粒子。在被排斥的短距颗粒系统中，该列表被优化。从而使粒子的局部密度不会过大。在并行机，lammps的使用空间分解技术使模拟域分区为3D小子域，每个子域分配给每个处理器。处理器传送和存储同子域相邻的“ghost”原子信息。 LAMMPS是最有效的（在一个平行的意义上）的系统，其颗粒填充大致均匀密度的三维矩形框。关键词中包含的LAMMPS使用的算法技术细节列于本节。 1.2 lammps的功能
一、这节强调了lammps的功能，如果lammps没有你喜欢的原子间作用势、边界条件和原子种类，请看section modify。
1、单独或者并行处理器上运行。 2、并行分布式内存消息传递。 3、并行模拟域的空间分解。 4、开放资源分布 5、高度拟合c++
二、颗粒与模拟种类（atom style 命令） 原子
粗精度颗粒
联合原子聚合物或者原始分子
所有原子聚合物、原始分子、蛋白质和DNA 金属 颗粒材料 粗精度模拟
有限球形和椭圆颗粒 有限线段和三维颗粒 点偶极颗粒 颗粒的刚性收藏
三、力场（对势、bond style、angle style 、dihedral style 、improper style 、kspace style）
