由于缺乏科学合理的机构建设思路，食品检验检测机构的设臵和布局客观上存在三大问题，一是机构不健全，布局不平衡。经贸、工商、粮食、畜牧等部门没有检验检测机构，质监部门有5个县（区）没有检验检测机构，农业部门有7个县（区）没有检验检测机构，在这些地区形成食品检验的盲区；二是职能重叠，低水平重复。例如对于乳制品、酒类、饮料、糕点等品种的检验，疾控中心和质监部门都在进行，而对于粮食、蔬菜、水果、肉制品、豆制品等大量的食品检验则无人开展，存在严重的检验盲点和安全隐患；三是部门间存在低水平重复建设和信息沟通不畅等问题，造成资源浪费和检验能力低下。现有的食品检验检测机构，只有部分能够开展微生物，只有1家开展了理化指标检测，而对于严重危害人体健康的农药残留指标和兽药残留指标全部不能开展检验。这种现状与当前食品检验的需求相距甚远，对突发性食品安全事件的应对能力就更无从谈起。如：引起全国轰动的“苏丹红”事件由新闻单位暴光后很长时间内，我市食品市场反映不强烈，这从另外一个侧面反映了我市食品检验检测机构应对突发性食品安全事件的能力严重不足。
3、在分段管理的食品安全监管模式下，存在职能交叉和缺位的情况，难以实现“无缝隙监管”的目标。食品安全监管链条长，涉及范围广。就目前而言，承担食品安全监管职能的有农业、工商、卫生、质监、粮食等十几个部门，形成了多部门管理格局，不同部门仅负责食品链的不同环节。这十多个部门涉及到生产、加工、流通和消费等各个环节，一旦有一个环节监管不力，整个行业就会出
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问题，犹如木桶的一块短去一截，不管其他部门多么“卖力”，整个木桶仍会不断漏水。已经正式实施的《食品安全法》规定了食品安全监管坚持一个监管环节由一个部门负责的原则,食品安全监管多部门各司其职的分工进一步明确。从多个环节进行多重保障似乎是件好事，但从另一个角度看，执法部门过多却难免会出现职责交叉和权力真空地带，相互制约难。有些部门不是不想主动跟进食品安全管理，但碍于职权范畴，不敢过界越权，破坏规矩。与此同时，按照中国的特殊国情，由于政府部门与商业机构关系密切，也容易造成某些食品安全监管部门出现潜规则。另外，各食品安全监管部门长期形成的各自为阵、权力交叉、多头监管等原因，造成职责不清，责任不明，交叉地带多头管，而真空地带无人管。这种交叉管理也容易导致部门管理资源的浪费，使得相关部门的监管疲于奔命但收效甚微。比如对流动摊贩和小作坊的监管成为重点和难点。
4、食品安全的各个环节存在着许多不容忽视的食品安全隐患。食品安全问题，直接涉及到消费者的身体健康。从食品生产到销售的各个环节，不同程度存在着水污染和土壤质量恶化、农业投入品（即化肥、农药、调节激素）过量或超标、食品生产条件差、卫生条件差、工作人员卫生意识差、设备简陋、工艺落后的状况，还有制造伪劣食品、伪造或滥用标识、欺骗和误导消费者的违法行为。农副产品市场和农村集贸市场的建设标准与管理不规范，卫生条件差，直接危害消费者的身体健康。
5、农村和城乡结合部仍然是食品安全监管的重要部位。农村
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食品安全保障水平相对较低，无证照、五小经营户、劣质食品，“三无”食品问题仍时有发生。农民群众的食品安全意识有待于进一步提高。
6、奶畜散养户自产自销生鲜乳品存在较大隐患。我市目前奶牛存栏3020头，奶牛饲养以滨江区、xx县居多，宁县、睢阳、干坝、肥坪县均没有饲养奶牛，其他县区有零星分布。市乳业总场奶牛饲养量最多，奶牛存栏295头，其中产奶牛145头，后备奶牛150头，其余均为散户饲养。各级农业部门对奶牛散养户奶牛疫病防治、兽药、饲料等投入品的监管很严格，但是由于受检验检测手段的限制，对生鲜乳添加剂的监管还不到位，形势不容乐观；各奶牛散养户的生产环境、卫生条件较差。除乳业总场所属养殖场硬件条件较好外，其余的几个散养户养殖场粪便及废水未进行无害化处理，圈舍条件、挤奶条件、冷藏设施等方面都不符合相关要求。散养户均未对生鲜乳进行自检或者送检，相关部门也未进行监督抽验；散养户自产的生鲜乳大多都自行销往居民区，缺乏有效的监管，给食品安全带来一定隐患。
二、存在问题的原因
食品安全问题的出现存在深层次原因。食品安全问题的出现，不能简单地看作是一个经济行为问题，而应该从社会价值观、经济学、社会综合因素等多角度、深层次分析产生的原因。
从我国社会发展的角度来看，食品安全问题是经济发展水平与思想道德发展水平不均衡的表现内容之一。改革开放30年来，人民群众的物质生活有了质的飞跃，但是，人们的思想道德水平不但
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没有得到同等的提升，甚至还在一定程度上出现了历史倒退，出现拜金主义严重、正义感缺失、人生观和价值观扭曲等现象，为生产、销售假冒伪劣食品提供了最根本的思想道德土壤。这不只是简单的经济问题，而是道德观、价值观、人生观扭曲的表现，有着深层次的社会原因。
从经济学角度来看，食品安全事故层出不穷的最重要原因，就是企业和商家的违法成本太低。
从监管体系来看，“多龙治水”现象以及监管部门和人员自身素质、水平、技术、设施等不能完全适应监管需求。目前，我国食品安全监管采取由卫生、工商、食品药品监管、农业等部门分阶段为主，品种监管为辅的监管模式，在日常监管中，合力难以真正形成，而且不少地方食品安全监管存在盲点和真空地带，主要原因在于监管体系运转不顺畅，被百姓戏称为“八九个大盖帽管不好一头猪，十几个部门管不好一张餐桌”。
从食品安全检验检测来看，食品安全检测成本过高，执罚成本大于产出。如常见食品，一个样品的检测费用就要1000元。如今的超市经营的食品至少有几百种，至于批次就更多了。要想全部检测，仅检测费用就会高达数百万元甚至上千万元、上亿元，而食品本身的价值要比检测费低得多，检测成本远远高于执罚成本，就目前的执法经费来讲，基层单位很难实现全面开展执法办案工作。此外，由于部门障碍，检测报告的法律效力不被广泛承认，造成了检测资源的不必要浪费。而不同环节的检测，必然导致监管效果的不
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