RT-PCR实验步骤

2026/4/26 17:54:42

(1)RNA提取

1、取出新鲜肝组织,放在液氮中冻存备用。

2、取匀浆器,加入lml的Trizol Reagent,置冰上预冷。 3、取100mg新鲜肝组织,加入到匀浆器中。

4、充分研磨直至无可见组织块,转移到1.5ml EP管中。 (2)两相分离

每lml的Trizol Reagent试剂裂解的样品中加入0.2ml的氯仿,盖紧管盖。手动剧烈振荡管体15秒后,15到30℃孵育2到3分钟。4C下12000rpm离心15分钟。离心后混合液体将分为下层的红色酚氯仿相,中间层以及无色水相上层。RNA全部被分配于水相中。水相上层的体积大约是匀浆时加入的Trizol Reagent试剂的60%。 (3)RNA沉淀

将水相上层转移到一干净无RNA酶的离心管中。加等体积异丙醇混合以沉淀其中的RNA,混匀后15到30C孵育10分钟后,于4C下12000rpm离心10分钟。此时离心前不可见的RNA沉淀将在管底部和侧壁上形成胶状沉淀块。 (4)RNA清洗

移去上清液,每lml Trizol Reagent试剂裂解的样品中加入至少lml的75%乙醇(75%乙醇用DEPC H2O配制),清洗RNA沉淀。混匀后,4C下7000rpm离心5分钟。 (5)RNA干燥

小心吸去大部分乙醇溶液,使RNA沉淀在室温空气中干燥5-10分钟。 (6)溶解RNA沉淀

溶解RNA时,先加入无RNA酶的水40u1用枪反复吹打几次,使其完全溶解,获得的RNA溶液保存于-80C待用。 (7)测定RNA的质量

1)紫外吸收法测定 先用稀释用的TE溶液将分光光度计调零。然后取少量RNA溶液用TE稀释(1:100)后,读取其在分光光度计260nm和280nm处的吸收值,测定RNA溶液浓度和纯度。 ①浓度测定:

A260下读值为1表示40 ug RNA/ml。

样品RNA浓度(ug/m1)计算公式为:A260×稀释倍数×40 ug/ml。具体计算如下: RNA溶于4u1 DEPC水中,取5ul,1:100稀释至495 ul的TE中,测得A260=0.21 RNA浓度=0.21×100×40ug/ml=840ug/ml或0.84ug/ul取5ul用来测量以后,剩余样品RNA为35u1,剩余RNA总量为:35u1×0.84 ug/ul=29.4 ug ②纯度测定:

RNA溶液的A260/A280的比值即为RNA纯度,比值范围1.8到2.1。

2)变性琼脂糖凝胶电泳测定 ①制胶

1g琼脂糖溶于72ml水中,冷却至60C,灌制凝胶板,预留加样孔至少可以加入25u1溶液。胶凝后将凝胶板放入电泳槽内,加足量的1×MOPS电泳缓冲液至覆盖胶面几个毫米。 10ml的10×MOPS电泳缓冲液和18m1的37%甲醛溶液(12.3 M)。

10×MOPS电泳缓冲液0.4M MOPS,pH 7.0;0.1M 乙酸钠;0.01M EDTA ②准备RNA样品

取3ugRNA,加3倍体积的甲醛上样染液,加EB于甲醛上样染液中至终浓度为10ug/ml。加热至70C孵育15分钟使样品变性。 ③电泳

上样前凝胶须预电泳5min,随后将样品加入上样孔。5-6V/cm电压下2h,电泳至溴酚兰指示剂进胶至少2-3cm。

④紫外透射光下观察并拍照

28S和18S核糖体RNA的带非常亮而浓(其大小决定于用于抽提RNA的物种类型),上面一条带的密度大约是下面一条带的2倍。还有可能观察到一个更小稍微扩散的带,它由低分子量的RNA(tRNA和5s核糖体RNA)组成。在18S和28S核糖体带之间可以看到一片弥散的EB染色物质,可能是由mRNA和其它异型RNA组成。RNA制备过程中如果出现DNA污染,将会在28S核糖体RNA带的上面出现,即更高分子量的弥散迁移物质或者带,RNA的降解表现为核糖体RNA带的弥散。用数码照相机拍下电泳结果。 (8)反转录(枪头和PCR管均经过湿热灭菌,无RNA酶) 1)取一PCR管,加入含2ug RNA的溶液。 2)加入1u1 oligo(dT)15。

3)用无核糖核酸酶的去离子水补足至12u1。

4)于PCR仪上70℃保温5min,迅速置冰上冷却。

5)依次加入4u1 5×buffer,2u1 10mM dNTPs,1u1 RNA inhibitor和1ul反转录酶,用枪抽吸混匀。

6)于PCR仪上42C保温30min,结束后80C保温5min灭活反转录酶。

定量PCR

1)取0.2ml PCR管,配制如下反应体系,每个反转录产物配制3管。 2×qPCR Mix 12.5ul 2.5 uM基因引物 2.0u1 反转录产物 2.0 u1 ddH20 8.5u1

2)取0.2ml PCR管,配制如下反应体系,每个反转录产物配制3管。 2×qPCR Mix 12.5u1 2.5uM内标引物 2.0u1 反转录产物 2.0u1 ddH20 8.5u1 3)PCR扩增

预变性 95℃,lmin 循环(40次) 95℃-15s;58℃-20s;72℃-20s 末段延伸 72℃ 5min

溶解曲线 72℃-95℃,每20s升温1℃ 3.数据处理 △△CT法:

A=CT(目的基因,实验样本)一CT(内标基因,实验样本) B=CT(目的基因,对照样本)一CT(内标基因,对照样本) K=A-B 表达倍数=2-K


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