乙酉年（1225年）的时候，火星冲撞了尾宿（古代燕地分野，主灾异），灾祸可能在燕（今河北）一带降临，丘处机作醮祷告，最后灾星消失了；丁亥年（1227年），天大旱，丘处机又作醮祷告，预告三天后将下雨，一定会出现祥瑞的应兆，后果然应验。成吉思汗命令将天长馆改名长春观（今白云观），并且派遣使者慰问，他的诏书上说：“我经常想念神仙，希望神仙也经常想念我。”这一年的六月二十一（农历），丘处机在东溪洗澡；两天后（六月二十三），天上雷雨大作，太液池岸崩溃，水流全部汇入东湖，水流的声音几里外都听得到，鱼类和鳖类全部随着水流流走了，北口山崩摧了，太液池变干涸了，丘处机感叹的说：“山崩摧了，太液池干涸了，我大概也要化鹤西去了。”几天后（七月初四），丘处机去世，终年八十岁。他的弟子尹志平等人依据朝廷命令世袭了丘处机的掌教职位，元至大年间受到朝廷封赏的金质印玺。
