除了对食品的污染还有对环境的影响。例如 1999 年美国的斑蝶事件。转基因的抗虫玉米的花粉撒在了马利筋杂草上面，而北美斑蝶要吃这种杂草，结果吃了这种叶子斑蝶，就毒死了幼虫。斑蝶蝴蝶是北美一种珍稀濒危动物，所以在当时在全世界都引起了很大的反响。比较重要的，是 2001 年发现的一种墨西哥玉米基因污染的问题。还有《自然》 2001 年曾经发表文章，关于墨西哥玉米遭到转基因玉米污染的事件。墨西哥本身不种植转基因的玉米，而且有法规规定不允许种植，但是它进口美国的转基因玉米用做饲料。结果可能是有些农民拿转基因玉米去种，种完之后就污染了当地的玉米。墨西哥是玉米的原产地。如果玉米原产地的遗传多样性受到污染，本地的玉米遗传结构受到破坏，产生的污染问题是很严重的。这件事对中国也有很大的启示。中国现在进口转基因大豆，而中国是大豆的原产地，很有可能转基因的大豆会对中国当地原产的大豆，发生遗传污染。因此，现在国家对转基因的大豆控制还是比较严格，不允许种植。 转基因食品安全吗
弗兰肯斯坦是英国作家玛丽·谢利1918年所著小说中的生理学研究者，他最后被自己创造的怪物所毁灭。现在欧洲人把基因改良作物提供的食物称作“弗兰肯斯坦食物”，意谓转基因植物将造成生态灾难，威胁人类的生存。这种譬喻固然夸张了一点，但他们的担忧不是全然没有道理。
生命科学产业的发展是近20年的事，由于其孕育着巨大的希望而越来越受到人们的关注。西方国家在1990年还没有正式种植转基因作物，到了1999年种植面积已达4000万公顷。全世界转基因种子的销售额在1995年仅为7500万美元，而1998年已飚升至15亿美元。 但另一方面，虽然各国目前已经试种的转基因植物超过4500种，可是获得政府批准上市的品种仅40个，不到1%。这说明各国政府对此仍采取谨慎的态度，在技术因素之外，还有生态健康和社会伦理等因素需要权衡。
美国和加拿大的公众对基因改良食物的接受程度比较高。市场上的一些加工食品如软饮料、啤酒和早餐麦片等都已含有基因改良作物的成分，并没有遇到多少质疑。但欧洲的情况却不一样，阻力很大。公众对政府批准的食品新品种将信将疑。自从发生了疯牛病、二恶英污染事件后，公众更是心有余悸了。一项民意调查显示，79%的英国公众反对试种基因改良作物。
欧盟在去年4月暂停批准新的转基因农产品投放市场，今年又进一步作出决定，暂停转基因农作物的种植和销售。少数自愿试种基因改良作物的农场主受到其他农场主的抗议，试种的作物常常遭到毁坏。今年八月下旬以后的一段时间，法国的农民把水果蔬菜，甚至牛粪倾倒在一些麦当劳快餐店门前，抗议他们出售的牛肉面包和土豆中含有转基因食物。美国认为欧洲的行动比“香蕉战”和“牛肉战”更为严重，扬言要报复。 反对转基因食品的人涉及范围较广的各种利益集团，从绿色和平组织到农场主协会到基督教会等等，他们的反对意见集中在三个方面：
第一，转基因违反自然，因而是有害的。支持派则反驳说，现今的各种庄稼早已不是原始品种，否则人们吃的蔬菜就该跟动物吃的草一样。 第二，植物里引入了具有抗除草剂或毒杀害虫功能的基因后，它们所提供的食物对人体是否安全？对这一点，支持派强调，迄今为止并无够资格的研究机构发现转基因食品危害人体健康的证据，但他们对长远的影响还只能作推论，一时难以取得全面的证据以服人。 第三，过于勿忙地推广转基因植物是否可能影响农业和生态环境？推广抗除草剂的转基因作物可能助长农民过量使用除草剂，从而使一些非主要作物受到伤害甚至灭绝。很多发展中国家的农民一直把这类非主要作物当作补充食物或作为饲料。美国渔类和野生动物管理署已发现有74种植物品种受除草剂影响而濒临灭绝。
另外，转基因技术有可能造成生物污染。有的生物技术公司为了保护自己的知识产权，
对销售给农民的转基因种子作了“绝育”处理。印地安那大学生物系副教授玛莎·克劳奇的研究表明，这种绝育基因有可能在无意中使其他作物也变成不育。
此外，有特殊功能的基因“流窜”到相近的野生植物品系中去，使之具有抗除草剂的能力而难以控制；或者使害虫体内产生抵御杀虫剂的抗体。另外，有些小生物吃了具杀虫功能的转基因植物可能灭绝。支持派则指出，农业生产本身是一种有损环境的活动，转基因作物对环境的损害不会比传统农业更大。植物自身具备了抗虫能力，农民可以减少喷洒杀虫剂，对环境和生物保护是有利的。
这类争论在短时间内不易得出结论。关于转基因作物的争议应该说是一种正常现象。首先是新开发的品种本身还不完善，其于人体和环境的中长期影响尚待观察，人们表示担忧是有正当理由。其次，总会有一些意识保守的人对新科技产物不习惯，拒绝接受。再有就是受贸易利益冲突的影响，一些国家的政府和利益集团利用转基因食品的不够完善而大打贸易战，使事情变得更复杂了。
转基因食物的潜在危害
⒈担心出现滞后效应。转基因植物的DNA经过重组后，有可能合成出对人体有直接毒性或潜在毒性的蛋白质；转基因农作物所表达的某些蛋白质，可能会潜移默化地影响人的免疫系统，从而对人体健康造成隐性的伤害，食用者在过了若干年或者一两代之后，问题才显现出来。
⒉担心出现新的过敏原。转基因植物合成的某些新的蛋白质，也许大多数人食用后没事，但是具有过敏体质的人群，使用后可能会出现严重后果。在自然条件下存在许多过敏源。转基因作物通常插入特定的基因片断以表达特定的蛋白,而所表达蛋白若是已知过敏源,则有可能引起过敏人群的不良反应。例如，为增加大豆含硫氨基酸的含量,研究人员将巴西坚果中的2S清蛋白基因转入大豆中,而2S清蛋白具有过敏性,导致原本没有过敏性的大豆对某些人群产生过敏反应,最终该转基因大豆被禁止商品化生产。即便表达蛋白为非已知过敏源,但只要是在转基因作物的食用部分表达,则也需对其进行评估。目前，对转基因食品的过敏性检测主要是依据1996年国际食品生物技术委员会等制订出的一套对改良食品的分析方法。
⒊担心营养成分改变。转基因农作物尽管只是部分DNA发生了重组，但是，有些基因足以使植物体内某些代谢途径发生变化，这可能会导致转基因农作物营养成分的改变。据美国伦理和毒性中心的实验报告说，与一般大豆相比，耐除草剂的转基因大豆中，防癌的成分异黄酮减少了。
⒋把动物蛋白基因转入农作物，有可能侵犯宗教信仰者或素食者权益。[1]
试管婴儿的缺陷 目前，科学家还无法准确地解释为什么试管婴儿出生后会面临更大的健康风险。一些辅助生育学(IVF)专家指出，与试管受精相关联的疾病问题的高发率可以追溯到创造孩子胚胎时所用的卵子的缺陷。
三份新的研究显示，在做试管受精而备的卵子中平均有42%携带基因变异，这会让创造出来的胎儿难以顺产。一些专家暗示这归咎于用来刺激排卵的药物。为了更方便地获取卵子，医生都要给做试管受精手术的妇女事先服用排卵药物。
据英国广播公司报道，实验室里用来创造胚胎的卵子经常会带有基因缺陷，因此，
更多的IVF专家正呼吁所有用到的卵子都要被筛选。现在，在英国规范IVF的政策要求年龄超过35岁的妇女的卵子都要做非正常染色体数目的扫描。
这个发现，预言性地推动了人们对使用胚胎植入子宫前基因诊断(PGD)的需求增加，PGD是一个检查早期胚胎的一个单细胞的不正常基因的程序。这个程序有时候可能直接就引起胚胎的死亡，但更重要的是，作为一种“搜索-消灭”的方法，它有效地减少了被认为基因不良的孩子的数量。
现在，首批试管婴儿都已长大成人。他们下一代的陆续出生，让试管婴儿引发的健康问题变得更加复杂。
滥用后果严重
监督辅助生殖技术国际委员会2006年6月21日发表报告说，从1978年世界首例试管婴儿诞生起，全世界共有300多万名婴儿通过试管受精方式出生。委员会专家雅克.穆宗说，全世界每年实施大约100万例试管受精手术，年出生婴儿约为20万。
虽然经过20多年的飞速发展，试管受精技术已经催生出一个年收入超过1亿美元的行业，但最近凸显的安全性问题，使它受到的批评越来越多。
事实上，在发现试管婴儿出生后可能会承受更多的健康风险之前，试管受精技术的应用已经带来了很多问题。许多妇女认为，有了试管受精技术，她们可以无限期推迟生育，当准备好的时候付钱就可以。但大多数人并不知道试管受精的平均怀孕率仅为25.1%，生育率18.5%；也不知道这些过程很痛苦并常常有危险。
目前中国不育人群人数正在逐年上升，“除了先天疾病之外，许多人是自己把自己耽误了。”很多妇女由于工作压力大，总觉得生孩子的事可以先放一放，使本来具备生育能力的自己罹患不孕，而试管受精技术只适用于1%～2%的不孕妇女。
在中国，每10对育龄夫妇中就有1对不育。庞大的市场需求，使很多医疗机构纷纷开展试管受精技术。遗传学家卢光琇认为，这一技术的滥用如得不到遏制，将影响中国的人口安全。她说：“这比农民买假种子造成粮食绝收后果要严重得多，一旦试管婴儿应用、管理失控，缺陷儿、男女比例失调、近亲结婚等问题将接连出现，并严重影响中国的人口安全。”
【补充】从目前的各种文献来看，虽然有争议，但大致聚焦于以下几点： 试管婴儿的几个弊端
1、现代人工辅助生技术—试管婴儿，使精子失去了优胜劣汰竞争机会，可能将带微缺失的Y染色体遗传下去。容易造成流产死胎，先天畸形等缺陷。
2、如果女性身体不具备孕育条件，比如内分泌紊乱，黄体功能不全，有过流产史。即使施行试管婴儿手术成功，也可能造成流产。
3、可能出现伦理道德问题。地下精子库的不规范增加了人工授精的许多伦理问题。有些机构对精子没有严格把关，精子来源不明。无法保证胎儿质量。
4、增加了多胎妊娠风险：多胎妊娠的孕妇并发症多，早产发生率及围生期死亡率高，属高危妊娠范围。所以医患双方都希望得到单胎，最多是双胎妊娠。
5、成本效益高，即获得每一个后代的成本高：做一次人工受孕需要2～3万人民币，受孕率15﹪。多次的话，受孕率能提高至37%左右，甚至更高；
6、对女性生理的干扰较大。刺激排卵导致卵巢反应低下，易出现于卵巢功能早衰，年轻女性于40岁以前闭经、卵巢不敏感综合征。卵巢过度刺激综合征：血液浓缩血容量减少、少尿、腹水、胸水、电解质紊乱、高凝状态、肝肾功能损害、血栓形成、成人呼吸窘迫综合征，甚至死亡。发生率为0.6﹪～14﹪。
7、通过人工受精制造的试管婴儿比自然受精得来的婴儿出生时罹患脑瘫的几率高3倍。
