来不想理他，但他作了一个梦，有一棵棕树从他脚下长起来；又梦见罗马首座拉特兰教堂将要倾倒，方济将它支持起来。因此，口头给了他设立修会的许可，准他传扬悔改的福音。方济并不要求教諭甚麼的文件作护符。
他立心照著主耶穌的脚踪行，在生活上效法主，遵行祂一切的教训，捨己背十字架，叫人悔改。他们基本的法则是：马太福音第十六章24-16节，第十九章21节； 和路加福音第九章1-6节。
方济修会的人数急剧增加。他也设立了女修会。他发愿与贫穷结婚，不积财產，也不拥有教產。他爱贫穷的人，也爱自然界，称太阳為\日兄”，月亮為\月姊”，死亡是\死亡姊妹”，叫自己的身体是\驴身兄”；他更强调\如果不珍爱基督為他死的人，就不是基督的朋友。”
他讲道给鸟听：\鸟兄弟和鸟姊妹，你应该多多感谢创造的主，祂给你羽毛為衣，翅膀能飞，為你预备一切所需用的。你不种，也不收；祂却看顾你。”更希奇的是，他驯服一隻為害乡里的恶狼。那狼张牙舞爪的迎著他奔来，方济吩咐：\狼兄弟，我奉耶穌基督的名吩咐你，不要伤害我或任何人！”方济应许赦免它过去的恶行，条件是今后不再伤害人。那狼同意了，俯首跪在他面前，成了方济的宠物\古比奥”（Gubbio）。
方济修会的人数超过了五千人。他自己时常要出去游行佈道。1219年，他游行意大利，又到埃及和叙利亚。
当时的红衣大主教乌果林（Cardinal Ugolino, 后来成為教皇贵格利九世Gregory IX），建议来帮助； 方济接受了。照乌果林的观点，為了教廷的长远利益，修会必须改弦更张。
1921年，乌果林修订了修会的规律，守贫的规律也修改了，并依修道院的组织规律，任命凯他耐（Pietro di Catanii）為法兰西斯修会的总主持。1221年，在他死后，其职位由考徒纳（Elias of Cortona）继任。修会也有了建筑，给弟兄们居住。
方济远行归来，发现局面一新。他接受了。对他的弟兄们说：\从今以后，你们就当我是死了。这里是彼得凯他耐兄，你们和我都要顺服他。”就跪伏在地，表明顺服听命。在他的遗嘱中，他自称\小弟兄”（frater parvulus），并且承认\他是我的主”，无论往哪里去，作甚麼事，都不能违背他的命令。
1223年，方济渐渐退出修会。1224年八月，他退到亚西溪附近的拉惟纳（La Verna）山上，禁食四十天。在那里，他祷告寻求神的旨意，如何讨神的喜悦；三次翻开福音书，盼望得到回答，三次都落在基督的受难。在九月十四日，清晨祷告的时候，他看见从天降下一个形象：有一个撒拉弗被钉在十字架上，两个翅膀高举，两个翅膀遮体；他的面貌极其美丽，向法兰西斯温柔的微笑著。方济深為忧伤。最后，这异象消失了。在他的身上，却奇妙的留下了五处伤痕，正与基督被钉和枪扎的部位一样。他著力隐藏这些印记不肯示人；在离世以后，才被发现。深知方济的同工理奥（Bro. Leo）见证确见过那些圣痕记（Stigmata）。
此后，方济继续在世两年。1226年，十月三日，如理奥所说的：\他移民到主耶穌基督那里去了，就是那位他全心所爱并跟从得最完全的主。”他的遗体安葬在亚西溪。
他的朋友乌果林（Ugolino da Segni, 1170-1241），在他故乡风光明媚的亚西溪，為方济记念大教堂立了基石。乌果林於次年成了教皇（1227-1241），在方济死后二年，晋封他為\圣方济”。
修会的继任总主持考徒纳，在安葬方济的大教堂那里，作了一具大理石容器，收纳捐献；理奥以為是污辱，把它砸得粉碎。因此，他被逐出。
方济本人受教育不多，仅粗通拉丁文，写来不甚好；他喜欢法文，说得也不完全。但他全心见证主的福音，不怕吃苦，不為自己积财。他认為爱邻舍，作善工，比学问更要紧。1220年以后，修会也讲习神学；他表示同意，\只要不销灭谦卑和祷告的灵。”改组后的方济修会，也渐重学术；英国的威廉俄坎（William of Occam）和罗哲培根（Roger Bacon），都是方济修会杰出的哲学家。
圣方济遗嘱
（本文转载自http://www.ofm.org.hk/100-Francis-Clare/120-Writings/francistestament.html#testament）
1. 看，主如何赏了我方济兄弟开始做补赎的思典。当我生活在罪恶中时，最厌恶见到癩病人；
2. 但主亲自将我领到他们中间，而我就慈爱地照顾了他们。
3. 在离开他们的时候，以前对我好像是可憎恶的，此刻对我的心身都成了甘美的。不久我便离开了世俗。
4. 主曾使我在圣堂内拥有这样大的信德，我就这样简单地朝拜说：
5. 至圣的主耶穌基督，我们在这裡并在普世的圣堂内，朝拜你，讚颂你，因為你以你的十字圣架救赎了普世。
6. 此后，主曾经并仍在赏赐我，使我对按照罗马圣教规章生活的司鐸们拥有绝大的信德，因著他们的神品，即使他们窘难我，我仍愿投奔他们。
7. 即使我有撒罗满一般大的智慧，即使我看到的是一些按世俗而生活的可怜司鐸，我也不愿相反他们的心意，在他们所住的堂口裡讲道。
8. 我愿意敬畏、爱戴、尊重他们及其他司鐸，就像我的主人一般。
9. 我不愿注意他们的罪过；因為在他们身上，我辨别出来的是天主圣子，而且他们是我的主人。
10. 我之所以如此，因為在此世上，除了他的至圣体血外，我不能亲眼见到至高天主之子的任何其它事物。而他们除自己领受这至圣体血外，唯有他们能将圣体送与他人。
11. 我愿这至圣的奥蹟在一切之上受到尊荣和敬重，并被安置在装修得体的地方。
12. 不论在何处，若我发现写有主的圣言的字纸，丢在不相宜的地方，我要将它们检起来，并要求别人将它们检起来，放在适当的地方。
13. 凡是神学家和那些给我们传播天主至圣圣言的人，我们应当尊他们，就像他们是将神和生命传给我们的人一般。
14. 主将弟兄们委託与我之后，并无人指示我应做何事。但至高者亲自啟示了我：应当遵照福音而生活；
15. 我遂令人用简单的言语写出，而為教宗所批准。
16. 凡来参加我们这生活方式的人，将他们所能有的產业，悉数施给穷人；祗以内外补缀的长衣一身，腰带一条，裤子几条為满足。
17. 此外我们再不愿有其他物事了。
18. 神职弟兄犹如其他神职人员虔诵日课；非神职弟兄则诵「天主经」。我们乐意居住在圣堂内。
19. 并以朴实和顺对待他人。
20. 我曾用我的双手工作，而且我乐意工作；我坚决地要所有弟兄有正当的工作。
21. 凡不会工作的应当学习。并非為贪得薪金，而是要给别人树立善表，避免空閒。
22. 如果人们不给我们工资，我们可以求助於主的餐桌，就是沿门行乞。
23. 主曾默示了我向人致候的方式：愿主赐你平安！
24. 人们给弟兄们修筑的圣堂，简陋的住屋等，倘若不符我们在会规内所许下的至神贫；弟兄们万不可接受。且他们不论居住何处，常应如过路的客人、异乡人和流浪者（伯前二１１，咏三八１３）。
25. 我以听命圣愿严禁弟兄们為了一座圣堂，一所房子，甚或藉口為了讲道，為了避免迫害等而向罗马教廷请求书面保证，他们既不应自己去求，亦不应央求别人代求。
26. 倘他们在某地区不受人的欢迎，可以带著天主的祝福逃随另一个地方做补赎。
27. 我决心服从本兄弟会的总会长和他给我指定的院长。
28. 我愿意完全受他的约束，没有他的命令和他的旨意，我不得丝毫有所作為，因為他是我的主人。
29. 纵然我不学无文而且患病，可是我愿经常有一位司鐸，按会规的指示，帮助我诵日课。
30. 弟兄们都有责任服从他们的院长，并按会规诵日课，
31. 倘发现有人不按会规诵日课，并企图有所变更，甚或不信仰公教，各处的弟兄若遇见了这样的人，因了听命的圣愿，有责任将这人送交离他们较近的院鉴。
32. 院长因了听命的圣愿有责任将他日夜当作犯人一般看管起来，不让他逃脱自己的掌握，一直等到能亲自将他送交他的省会长。
33. 省会长也因了听命圣愿有责任使弟兄们，像对一个囚犯一般，日夜看守著他，直到将他送交欧司替（Ostia）枢机為止。这位枢机是本兄弟会的保护人兼纠正者。
34. 弟兄们不可说：「这是一项新会规」，不，这不过是个提醒，一个忠告，一种劝勉，也是我的遗嘱，是你们的小兄弟方济、我，对我所祝福的弟兄、你们，所说的话，目的是要我们严格遵守我们誓许与主的会规。
35. 总会长和其他会长及院长，因了听命的圣愿，不得在这些文字上有所增加和删除。
36. 他们要将这遗嘱连同会规时常带在身边。
37. 在各会议中读会规时，也应读这遗嘱。
38. 我以听命的圣愿，命令全体弟兄，神职者或非神职者，不得在会规和这遗嘱上加註脚说：这应当如此解释。
39. 主既赐我单纯而朴实地说出并写出了会规和这遗嘱，同样，你们也应单纯而不加註释地来了解它们，并以圣善的行动一直到底地去实行。
40. 凡遵行这一切的人，愿他们在天上获得至高圣父的降福，在地上充满衪至爱圣子，偕同护慰的圣神，以及天朝眾大能者和诸圣人的降福。
41. 而我，方济兄弟，你们卑小的僕人，又尽我所能，在你们内外巩固这至圣的降福。阿门。
方济会第一会规（1221年）
（本文转载自http://www.ofm.org.hk/100-Francis-Clare/120-Writings/francisregulanonbullata.html）
圣方济撰文 教宗依诺桑批准
因父及子及圣神之名！阿们。这是方济兄弟请求教宗依诺桑认可并赞许的生活方式。教宗曾给方济及其现在和未来的弟兄颁赐了认可和赞许。
方济兄弟，及所有将為此会的总会长者，对教宗依诺桑及其嗣位者誓许服从和尊敬。其他弟兄们则应服从方济兄弟及其继任者。
一 弟兄们应生活於服从、神贫及贞洁内
弟兄们的生活规则如下：服从，不拥有私產，并持守贞洁；遵守吾主耶穌基督的教义和楷模。他曾说：你若愿意是成全的，去变卖你所有的，施捨给穷人，你必拥有天上的宝藏，然后来跟随我（玛一九：２１）；又说：谁若愿跟随我，该弃绝自己，背著自己的十字架来跟随我（玛一六：２４）；同样，到我这裡来的人，若不爱我胜过爱自己的父亲、母亲、妻子、儿女、兄弟、姊妹，甚至自己的性命，就不能作我的门徒（路一四：２６）。凡因我的名，捨弃了房屋，或兄弟、或姊妹、或父亲、或妻子、或儿女、或田地者，必将领取百倍的酬报，并承受永生（玛一九：２９）。
