根据财税[2009]59号第一条第三款规定可知：第二步重组可认定为股权收购,实质上是C公司以非股权支付收购B公司持有的A公司股权。
又根据财税[2009]59号第六条第二款规定特殊处理的条件，上述股权收购中100%是非股权金额，第二步重组只能适用一般性税务处理。
第三步：A公司以增发股份方式收购D公司股份，其中法人股东C占D公司所余股份的30%和其它自然人股东(以F代表)占D公司股份的60%。收购完成后，D公司成为A公司的全资子公司。收购完成后，D公司成为A公司的全资子公司。 此步可以分两种情况理解：
1、将第一与四步结合起来作为一个股权收购的重组事项来分析
根据财税[2009]59号第十条：“企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。”规定国：第一步和第四步可以合并为一步理解：
A公司用全部资产与负债的差，即A全部净资产公允价为6亿元的非股权支付金额以及增发公允价为54亿元的股权支付金额，收购D公司100%的股权（C公司占40%，个人股东占60%），股权支付金额为90%[54÷(54＋6）)大于80%的最低限制。根据财税[2009]59号第六条第二款规定可知：
上述股权收购事项因符合特殊处理的条件，故可以适用特殊税务处理。 值得说明的是：C公司收到的非股权支付金额根据财税[2009]59号第六条第六款规定：“重组交易各方按本条(一)至(五)项规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失，其非股权支付仍应当在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)。”应就增值部分缴纳企业所得税。
（3）、对于F个人而言，这里有一个问题：能否按照财税[2009]59号第六条第二款第一项：“股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的80%，可以选择按规定进行特殊性税务处理：、被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。”规定处理：即F个人以被收购股权的原有计税基础确定。
根据财税[2009]59号的法律根据：“根据《企业所得税法》第二十条和《企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第七十五条规定。”和《企业所得税法》第一条：“个人独资企业、合伙企业不适用本法。”规定可知：
上述个人股东以D公司的股权交换A公司的股票，不适用财税[2009]59号规定。
正确的处理应该为：依据2010年以前个人所得税相关法规，可以暂缓交个人所得税。依据为《个人所得税法[2007年第二次修正]》 (主席令2007年第85号)第二条：“下列各项个人所得，应纳个人所得税：财产转让所得；”和《个人所得税法实施条例[2008年修正] 》(国务院令第519号)第八条：“税法第二条所说的各项个人所得的范围：财产转让所得，是指个人转让股权取得的所得。”以及《非货币性资产评估增值在投资时暂不征个税的规定》(国税函[2005]第319号) ：“考虑到个人所得税的特点和目前个人所得税征收管理的实际情况，对个人将非货币性资产进行评估后投资于企业，其评估增值取得的所得在投资取得企业股权时，暂不征收个人所得税。在投资收回、转让或清算股权时如有所得，再按规定征收个人所得税，其“财产原值”为资产评估前的价值。”
根据2011年1月4日国家税务总局发布的《关于公布全文失效废止、部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2011年第2号）规定：“全文失效废止的税收规范性文件目录中522项《非货币性资产评估增值在投资时暂不征个税的规定》(国税函[2005]第319号)”
另外根据2011年2月14日国家税务总局发布的《关于个人以股权参与上市公司定向增发征收个人所得税问题的批复》（国税函[2011]89号）规定：“根据《中华人民共和国个人所得税法》及其
实施条例等规定，南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后，参与苏宁环球股份有限公司定向增发股票，属于股权转让行为，其取得所得，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。”可知：
上述以F为代表的自然人，应就增值部分缴纳个人所得税。
2、另外还有一种考虑：综合将上述第一步与第四步分解为完全的资产收购与股权收购。 （1）资产收购重组为A公司用全部资产与负债收购D公司的10%股权，转让方为C公司。根据第一步中分析可以适用特殊重组。
（2）股权收购重组为A公司定向增发股份，收购C公司占D公司30%股权与F公司占D公司60%的股权。此时收购的股权占被收购企业全部股权的90%，全部为股权支付金额。根据规定，A公司和C公司可以享受特殊重组的税收优惠。
当然，作为自然人的股东F，根据现行有效文件，必须缴纳股权增值部分个人所得税。
第四步：A公司吸收合并D公司。D公司所有的资产与负债及人员全部由A公司接收，D公司注销。
根据财税[2009]59号第一条第五款：“合并是指一家或多家企业(以下称为被合并企业)将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业(以下称为合并企业)，被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以 上企业的依法合并。”及第六条第四款：“企业合并，企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并，可以选择按特殊性税务处理。”可知：
A公司吸收合并D公司，为母公司与全资子公司合并，可以适用特殊重组。
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