试剂和方法
组蛋白结合蛋白定性分析
将细胞用终浓度为1%的甲醛溶液处理15分钟。细胞的反应将会由于甘氨酸终浓度升到125毫摩每升而终止。然后用1体积的TBS（三溴水杨酰苯胺）（20毫摩每升pH为7.4的Tris-Cl，150毫摩每升的NaCl）洗两次后使细胞重新分散在400μl的冰冷过的ChIP（染色质免疫共沉淀）裂解液（50毫摩每升pH为7.5的HEPES-KOH（肝素钠与氢氧化钾的混合液），140毫摩每升的NaCl，1毫摩每升的EDTA（乙二胺四乙酸），1%的Triton X100溶液，0.1%的 sodium deoxycholate（脱氧胆酸钠）和protease inhibitors（蛋白酶抑制剂））中。把样品加入酸洗玻璃珠到一半容积并在 4°C下旋转40分钟。将WCE与玻璃珠分离。将所有的细胞提取物声振3次，每次10秒，以使得染色体被裂解为500bp到2kb的碎片，在超声处理过程中必须用冰块对样本降温至少一分钟。然后将WCE在 4°C下20000xg离心5分钟。提取上清液在于4°C下20000xg离心15分钟。将100μl细胞提取液（根据Bradford的分析，100 μl提取液相当于约1mg全蛋白）加入到的100μl冰冷过的ChIP（染色质免疫共沉淀）裂解液中，再加入3μg兔的组蛋白H3多克隆抗体（Abcam#ab1791）以使提取液中组蛋白H3免疫沉降。然后将样本放在4°C下震动温育过夜，在早上加入20 μg单股鲱鱼精DNA和50μl溶解了50%（w/v 质容比）G蛋白琼脂的ChIP（染色质免疫共沉淀）裂解液。再将样本在4°C下震动温育90分钟。将玻璃珠用含500毫摩每升NaCl的1ml ChIP（染色质免疫共沉淀）裂解液洗一次，再1ml ChIP（染色质免疫共沉淀）洗
涤液（10毫摩每升pH为8.0的Tris-Cl，0.25摩尔每升的LiCl,0.5%的NP40和0.5%的脱氧胆酸钠）洗一次。最后，将玻璃珠用1ml ChIP（染色质免疫共沉淀）再洗一次后重新分散于50μl 2X Lae毫摩每升li loading buffer（4%SDS（十二烷基磺酸钠），20%甘油，120毫摩每升pH为6.8的Tris-Cl，200毫摩每升的DTT（二硫苏糖醇），0.1%溴酚蓝）中。将酸洗玻璃珠内的东西和组蛋白H3免疫沉淀物共同煮沸30分钟以使交联反应重排。在蛋白质印记中可以检测到染色体结合蛋白。组蛋白H2B（上游）为控制区。
